W latach 1999 - 2006 w Powiatowym Centrum Pomocy Rodzinie w Słubicach przeprowadzono 8 postępowań kontrolnych . Przedmiot kontroli w przypadku każdej z nich był zróżnicowany ze względu na materię merytoryczną będącą w sferze zainteresowania jednostki kontrolującej, ze względu na jej kompetencje i realizowane na podstawie przepisów szczególnych zadania. Kontrole były przeprowadzane kolejno: 31 maja 2000 roku przez Starostwo Powiatowe w Słubicach w zakresie prawidłości stosowania instrukcji kancelaryjnej dla powiatu; 4 grudnia 2000 roku przez Państwową Inspekcję Pracy w zakresie przestrzegania zasad bezpieczeństwa, higieny i określonych w przepisach szczególnych warunków otoczenia, w którym wykonywana jest praca; 31 października 2001 roku przez PFRON Odział Lubuski w Zielonej Górze w zakresie realizacji programu celowego Pełnomocnika Rządu do Spraw Osób Niepełnosprawnych "DROGOWSKAZ - obszar A pomoc osobom niepełnosprawnym w zaopatrzeniu w przedmioty ortopedyczne, środki pomocnicze oraz w komunikowaniu się; 17 grudnia 2001 roku przez Lubuski Urząd Wojewódzki w Gorzowie Wilekopolskim w zakresie liczby i kwalifikacji zatrudnionych pracowników, a także realizacji zadań pomocy społecznej w zakresie prowadzenia rodzin zastępczych oraz udzielania pomocy pieniężnej na częściowe pokrycie kosztów utrzymania umieszczonych w nich dzieci; 21 lutego 2003 roku przez Kierownika Wydziału Finansowego Starostwa Powiatowego w Słubicach w zakresie spraw związanych z zapewnieniem przestrzegania obowiązujących procedur kontroli oraz przeprowadzanie wstępnej oceny celowości zaciągania zobowiązań finansowych i dokonywania wydatków; 7 lipca 2004 roku przez pracowników Wydziału Zdrowia Starostwa Powiatowego w Słubicach w sprawie organizacji nowego stanowiska pracy dla osoby niepełnosprawnej; 12 i 19 kwietnia 2005 roku przez Państwową Inspekcję Pracy w zakresie stosunku pracy, czasu pracy i wynagrodzenia oraz urlopów wypoczynkowych pracowników zatrudnionych w Powiatowym Centrum Pomocy Rodzinie w Słubicach; 10 lutego 2006 roku przez Komisję Rewizyjną Rady Powiatu Słubickiego w zakresie kontroli wydatków środków budżetowych w Powiatowym Centrum Pomocy Rodzinie w Słubicach przyznanych w budżecie powiatowym na rok 2005; 18 października 2006 roku przez Wydział Polityki Społecznej Lubuskiego Urzędu Wojewódzkiego w zakresie realizacji zadań powiatu dotyczących opieki nad dzieckiem i rodziną.